In silico analysis of coevolution among ERMES proteins, Pex11, and Lam6
Notice bibliographique
Résumé
In eukaryotic cells, communication and dynamic interactions among different organelles are important for maintaining cellular homeostasis. The endoplasmic reticulum (ER) mitochondria encounter structure (ERMES) complex establishes membrane contact sites between ER and mitochondria and is essential for phospholipid transport, protein import, and mitochondrial dynamics and inheritance. In this work, in silico analyses were used to probe the intramolecular interactions in ERMES proteins and the interactions that support the ERMES complex. Based on mutual information (MI), sites of intramolecular coevolution are predicted in the core proteins Mmm1, Mdm10, Mdm12, Mdm34, the peroxisomal protein Pex11, and cytoplasmic Lam6; these sites are linked to structural features of the proteins. Intermolecular coevolution is predicted among the synaptotagmin-like mitochondrial lipid-binding protein (SMP) domains of Mmm1, Mdm12, and Mdm34. Segments of Pex11 and Lam6 also share MI with the SMP domains of Mmm1 and Mdm12 and with the N terminus of Mdm34, implicating Mdm34 as part of a hub for interactions between ERMES and other complexes. In contrast, evidence of limited intermolecular coevolution involving the outer membrane protein Mdm10 was detected only with Mmm1 and Pex11. The results support models for the organization of these interacting proteins and suggest roles for Pex11 and Lam6 in regulating complex formation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».