Identification of genes responsible for anti-VEGF resistance in tumor cells
Notice bibliographique
Résumé
Angiogenesis is the process of formation of new blood vessels from pre-existing vessels, which plays a key role in physiological as well as pathological conditions. It is a tightly regulated process involving the interplay of a number of pro and anti-angiogenic factors. Dysregulation of the balance between these factors lead to excess angiogenesis or inhibition of angiogenesis contributing to pathological conditions such as cancer, inflammation, atherosclerosis, tumor growth & rheumatoid arthritis. Vascular endothelial growth factor (VEGF) is an endothelial cell specific growth factor which is a critical mediator in angiogenesis and targeting VEGF signaling is considered a key therapeutic approach for blocking angiogenesis in anti-VEGF therapy. But recently it has been noted that certain tumors develop resistance to anti-VEGF therapy and develop capillaries by some alternative mechanisms. This may be due to the activation of other pathways which have a proper connection with the downstream signaling of VEGF mediated angiogenesis. To shed light on the mechanisms and mediators of resistance to anti-angiogenic therapy, we analysed a set of microarray expression data showing resistance to antiVEGF therapy from databases and differentially expressed genes were identified. A total of 31 dataset were considered for the study, out of it one data set was used for the present study. The dataset contained 4 test and control samples, each having 34182 genes, out of which 796 genes were differentially expressed. Among the differentially expressed genes, 63 genes were 2 fold up regulated and 60 genes were 2 fold downregulated in both the sets. And these genes were classified based on the molecular function, cellular behavior and biological process. The results provide valuable biological insights into how tumors form resistance to anti-therapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».