Formation of oxidative and non‐oxidative dimers in metallothioneins: Implications for charge‐state analysis for structural determination
Notice bibliographique
Résumé
RATIONALE: Metallothioneins (MTs) are a class of dynamic proteins that have been investigated extensively using mass spectrometric methods due to their amenability to ionization. Here we detect the formation of oxidative and non-oxidative MT dimers using high-resolution mass spectrometry (HRMS) which has previously been overlooked with lower-resolution techniques. METHODS: Recombinant human MT1a and its isolated domain fragments were analyzed by high-resolution Thermo Q-Exactive and Bruker time-of-flight (TOF) mass spectrometers. Covalent Cys modification was performed using N-ethylmalemide to probe the effect of Cys oxidation on dimer formation. RESULTS: MT and apo-βMT. Specifically, high resolution (140 k) revealed the +6 dimer peaks overlapping with the +3 charge state, but not with the other charge states (+4, +5, +6). The proteins with covalently modified Cys did not show dimer formation in any of their charge states. Apo-α and apo-βαMT also did not form dimers under the conditions tested. CONCLUSIONS: Dimerization of MT was detected for zinc metalated and certain apo-MT forms with HRMS, which was not seen with lower-resolution techniques. These dimers appear overlapped only with certain charge states, confounding their analysis for structural characterization of MTs. The Zn-MT dimers appeared to be non-oxidative; however, the formation of dimers in the apo-protein is likely dependent on Cys oxidation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».