Hydrogen sulfide modulates basal metabolic circuitry A transcriptome sequencing assisted insight
Notice bibliographique
Résumé
Hydrogen Sulfide (H2S), the third gasomessenger to be discovered after nitric oxide (NO) and carbon monoxide (CO), is known for its distinctive health promoting effects on various organ systems, including cardiovascular system. This molecule has now qualified as an authentic mediator of specific cellular signal transduction pathways [1, 2]. The mechanistic insight into its cyto-protective role however remains incompletely understood. To understand the molecular circuitry regulated by H2S augmentation, we utilized an exogenous donor of H2S, Sodium hydrogen sulfide (NaHS), and performed unbiased global transcriptome sequencing (Illumina) in cardiac cells (H9c2 cardiomyoblasts). These experiments yielded differential transcriptome of the cells with varying levels of H2S (with or without NaHS treatment for 6 hrs). We subjected this dataset to multiple pathway mining tools, including gene ontology analysis, functional annotation clustering and co-expression network analysis, to infer biological themes hidden as concerted differential gene expression signatures [3]. We, interestingly, observed common biological processes in different analysis strategies, suggesting authentic, conserved nature of cellular response to H2S. Biological networks, largely associated with metabolic/ redox processes were recognized; within three gross themes - steroid/ isoprenoid biosynthesis, oxidoreductase coenzyme metabolism (representing pentose phosphate pathway, PPP) and glutathione metabolism. Glucose-6- phosphate dehydrogenase (G6PD) - rate-limiting enzyme within PPP stood as the highest degree node in majority of these networks. Also, genes related to oxidative stress and redox signaling were enriched. Interestingly, these pathways appear to be centrally linked by nicotinamide nucleotide cofactor (NADPH) homeostasis. We further supported this proposition at functional level by performing various enzyme activities besides recording cellular NADP/NADPH and GSH levels in established cellular as well as rat model system. In summary, our data suggested profound influence of H2S on integrated cellular metabolic circuitry modulating redox homeostasis in cardiac cells.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».