Hydrogen sulfide modulates basal metabolic circuitry A transcriptome sequencing assisted insight
Notice bibliographique
Résumé
Hydrogen Sulfide (H2S), the third gasomessenger to be discovered after nitric oxide (NO) and carbon monoxide (CO), is known for its distinctive health promoting effects on various organ systems, including cardiovascular system. This molecule has now qualified as an authentic mediator of specific cellular signal transduction pathways [1, 2]. The mechanistic insight into its cyto-protective role however remains incompletely understood. To understand the molecular circuitry regulated by H2S augmentation, we utilized an exogenous donor of H2S, Sodium hydrogen sulfide (NaHS), and performed unbiased global transcriptome sequencing (Illumina) in cardiac cells (H9c2 cardiomyoblasts). These experiments yielded differential transcriptome of the cells with varying levels of H2S (with or without NaHS treatment for 6 hrs). We subjected this dataset to multiple pathway mining tools, including gene ontology analysis, functional annotation clustering and co-expression network analysis, to infer biological themes hidden as concerted differential gene expression signatures [3]. We, interestingly, observed common biological processes in different analysis strategies, suggesting authentic, conserved nature of cellular response to H2S. Biological networks, largely associated with metabolic/ redox processes were recognized; within three gross themes - steroid/ isoprenoid biosynthesis, oxidoreductase coenzyme metabolism (representing pentose phosphate pathway, PPP) and glutathione metabolism. Glucose-6- phosphate dehydrogenase (G6PD) - rate-limiting enzyme within PPP stood as the highest degree node in majority of these networks. Also, genes related to oxidative stress and redox signaling were enriched. Interestingly, these pathways appear to be centrally linked by nicotinamide nucleotide cofactor (NADPH) homeostasis. We further supported this proposition at functional level by performing various enzyme activities besides recording cellular NADP/NADPH and GSH levels in established cellular as well as rat model system. In summary, our data suggested profound influence of H2S on integrated cellular metabolic circuitry modulating redox homeostasis in cardiac cells.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
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