Targeted genome-wide DNA methylation profiling of ovarian granulosa cells from women with PCOS
Notice bibliographique
Résumé
Polycystic ovary syndrome (PCOS) is a complex endocrinopathy of obscure pathophysiologic origins, globally affecting 6-15% women of childbearing age. Emerging evidence on repercussions of environmental insults and changing lifestyles on fecundity and reproductive health have necessitated the study of tissue-specific epigenetic alterations in PCOS development. In semblance to follicular and oocyte defects observed in PCOS ovaries, targeted bisulfite sequencing was performed to generate the methylome signatures of ovarian granulosa cells (GCs) obtained from age-BMI matched women with PCOS (n=3) and healthy, regularly menstruating controls (n=3) using next generation sequencing approach. Paired end sequencing of samples was carried out on Illumina HiSeq 2500 platform and data were analyzed using the Bismark tool. Methylation levels of a few selected genes relevant to ovarian function were further validated in GCs obtained from 10 controls and 10 women with PCOS by pyrosequencing. Relative transcript levels of these genes were assessed by q-RT PCR using Taqman assays. In the methylome analysis, a total of 6486 CpG sites representing 3840 genes associated with pathways such as Wnt signaling, G-protein receptor signaling, angiogenesis, chemokine and cytokine mediated inflammation and integrin signaling showed differential methylation in PCOS. Of these, a total of 2977 CpG sites representing 2063 genes were identified as hypomethylated while 3509 CpG sites in 1777 genes were found to be hypermethylated. Additionally, differential methylation was also noted in several non-coding RNAs regulating vital ovarian functions and which are reported to be dysregulated in PCOS. This data provides compelling evidence in support of epigenetic alterations as etiopathogenic factors associated with ovarian dysfunction in PCOS.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».