Analysis of CTCL cell lines reveals important differences between mycosis fungoides/Sézary syndrome <i>vs. HTLV-1+</i> leukemic cell lines
Notice bibliographique
Résumé
// Elena Netchiporouk 1, * , Jennifer Gantchev 1, * , Matthew Tsang 2 , Philippe Thibault 3 , Andrew K. Watters 4 , John-Douglas Matthew Hughes 2 , Feras M. Ghazawi 2 , Anders Woetmann 5 , Niels Ødum 5 , Denis Sasseville 1 and Ivan V. Litvinov 1, 2 1 Division of Dermatology, McGill University, Montréal, Québec, Canada 2 Division of Dermatology, University of Ottawa, Ottawa, Ontario, Canada 3 Université de Sherbrooke Rnomics Platform, Sherbrooke, Québec, Canada 4 Department of Pathology, McGill University Health Centre, Montreal, Québec, Canada 5 Department of International Health, Immunology, and Microbiology, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark * These authors have contributed equally to this work Correspondence to: Ivan V. Litvinov, email: ivan.litvinov@mcgill.ca Denis Sasseville, email: denis.sasseville@mcgill.ca Keywords: human T-cell lymphotropic virus type 1; cutaneous T-cell lymphomas; spectral karyotyping; gene expression analysis; xenograft tumors Received: July 20, 2017 Accepted: August 26, 2017 Published: October 07, 2017 ABSTRACT HTLV-1 is estimated to affect ~20 million people worldwide and in ~5% of carriers it produces Adult T-Cell Leukemia/Lymphoma (ATLL), which can often masquerade and present with classic erythematous pruritic patches and plaques that are typically seen in Mycosis Fungoides (MF) and Sézary Syndrome (SS), the most recognized variants of Cutaneous T-Cell Lymphomas (CTCL). For many years the role of HTLV-1 in the pathogenesis of MF/SS has been hotly debated. In this study we analyzed CTCL vs. HTLV-1 + leukemic cells. We performed G-banding/spectral karyotyping, extensive gene expression analysis, TP53 sequencing in the 11 patient-derived HTLV-1 + (MJ and Hut102) vs. HTLV-1 - (Myla, Mac2a, PB2B, HH, H9, Hut78, SZ4, Sez4 and SeAx) CTCL cell lines. We further tested drug sensitivities to commonly used CTCL therapies and studied the ability of these cells to produce subcutaneous xenograft tumors in NOD.Cg-Prkdc scid Il2rg tm1Wjl /SzJ mice. Our work demonstrates that unlike classic advanced MF/SS cells that acquire many ongoing balanced and unbalanced chromosomal translocations, HTLV-1 + CTCL leukemia cells are diploid and exhibit only a minimal number of non-specific chromosomal alterations. Our results indicate that HTLV-1 virus is likely not involved in the pathogenesis of classic MF/SS since it drives a very different pathway of lymphomagenesis based on our findings in these cells. This study also provides for the first time a comprehensive characterization of the CTCL cells with respect to gene expression profiling, TP53 mutation status, ability to produce tumors in mice and response to commonly used therapies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».