PolarFCS: A Multi-Parametric Data Visualisation Aid for Flow Cytometry Assessment
Notice bibliographique
Résumé
Currently available Flow-Cytometry Software (FCS) analysis platforms are computationally efficient and user-friendly, but may lack the functionality of single-plot, multi-parametric data visualisation. Methods to overcome this include gating techniques and/or dimensionality reduction. However, these strategies make Flow-Cytometry (FC) data analysis more time- and labour-intensive; profound errors can also result from incorrect FCS use. We have developed PolarFCS, a software tool capable of single-plot, multi-parametric data visualisation. Unlike traditional clinical FC plots, which typically operate directly on a data-set to produce single-parameter FC histograms or two-parameter orthogonal scatter plots, PolarFCS operates on the flow-parameter calculated centre of mass of each event in the data-set, and presents these as a dot-plot. We compare PolarFCS to our traditional clinical FCS workflow, using a selection of clinical plasma cell FC data. Multiple flow plots and gating strategies are required in the traditional software to isolate neoplastic populations. In PolarFCS, however, positional re-arrangement and scaling of the poles can be used to quickly isolate a population of interest. We also compare both approaches in a case of Minimal Residual Disease (MRD) assessment, and again, the versatility of the polar adjustment and parameter scaling allowable with PolarFCS is demonstrated. PolarFCS employs strategies that allow more accurate, standardised and detailed FC data analysis compared to traditional FCS platforms. Visualisation of multiple parameters in a single plot is an effective and invaluable feature that many other platforms currently do not offer. Availability: PolarFCS can be downloaded at https://github.com/etiennemahe/PolarFCS
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,045 | 0,009 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».