Transcriptome profiling of floral development in Dendrocalamus hamiltoniiuncovers floral transition mechanism in bamboos
Notice bibliographique
Résumé
Bamboos are the giant woody grasses belonging to family Poaceae. The plants have versatile utilities including rural and industrial applications. Bamboos are indeed major players in the economies of many Asian countries. They support an international trade worth more than US$ 2.5 billion per year and this is expected to increase further. Bamboos have long juvenile phase and unique flowering behavior -the major deterrents to their conservation and propagation. Most genera/species have a long intermast period of juvenile stage that varies from 40-120 years after which bamboos flower gregariously, irrespective of geographical locations. The entire culms of all clonal individuals from a single mother, flower simultaneously and die en masse. This results in huge loss of valuable germplasm, and is a continuous but unpredictable threat to all standing populations of bamboos. Besides gregarious flowering, some culms of bamboos flower sporadically, set a few seeds annually and die. Although the process of flowering in bamboos demands attention, it is poorly understood. Therefore, an attempt was made to elucidate the molecular mechanism of floral transition in Dendrocalamus hamiltonii, a multipurpose bamboo native to Himalayan region using a transcriptomic approach in an in vitro system. The Illumina paired-end sequencing was conducted, and a total of 37862456, 35040478 and 35017513 reads were obtained after filtering by RNA-seq of the vegetative, about-to-flower and flowering stages. These were assembled into 191575 transcripts with mean length of 1005.68 bp. A total of 98,782 unigenes were annotated in the NCBI non-redundant protein database and 86,665 in the Swiss-Prot database. Also, 73,802 annotated unigenes were allocated to gene ontology (GO) categories. In them most of the unigenes were categorized into biological process followed by molecular function and cellular component. By searching against the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Pathway database (KEGG), 7,222 unigenes were assigned to 372 KEGG pathways and in addition 28905 simple sequence repeats (SSRs) were identified. In total 7439 differentially expressed floral specifiers representing the three floral developmental stages were identified.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».