Proteomic analysis of long term salt responsive proteins in the halophyte Suaeda maritima
Notice bibliographique
Résumé
A proteomic approach was carried out to identify proteins responsive to long term salt treatment in the halophyte Suaeda maritima. A 3-month-old S. maritima seedlings were hydroponically exposed to Modified Hoagland's treated with salt solution of 200mM were grown for a period of 14 days in a growth chamber maintained at 24 3C, 70-75% relative humidity with 14 h light (200 mol m -2 s -1 )/10 h dark cycle. The untreated set maintained in Modified Hoagland's solution was considered as control with similar conditions. Proteins extracted from the leaves of S. maritima control and salt treated seedlings were separated by Two-Dimensional gel electrophoresis (2DE). Using PDquest software analysis, we observed ~ 50 protein spots were reproducibly detected on gels, out of which 18 differentially expressed protein spots showed at least two-fold differences on 2DE maps some of them were up-regulated and few others were down-regulated in treated compared with the control. From that, we identified 6 up-regulated protein spots shows the maximum level of fold differences and these protein spots were performed trypsin digestion and Matrix Assisted Laser Desorption Ionization -Time of Flight (MALDI-TOF) analysis. The results showed that S. maritima could withstand up to 200mM NaCl for long term period of 14 days by up regulating proteins that are mainly involved in protein transport, vesicle trafficking, heme/iron binding, protein folding and assembly, chromosome segregation, cell maintenance. Our study has identified salt responsive proteins such as RAB2B, CYP71A8, SCC3 that are not previously identified by expressed sequence tag analyses or transcriptome analyses in this species. This is the first report of proteome analysis and provides insights into the molecular mechanisms of long term salt tolerance in S. maritima.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».