Comprehensive skin microbiome analysis reveals the uniqueness of human-associated microbial communities among the class Mammalia
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Skin is the largest organ of the body and represents the primary physical barrier between mammals and their external environment. The objective of this research was to generate a skin microbiota baseline for members of the class Mammalia, testing the effects of host species, geographic location, body region, and biological sex. The back, torso, and inner thigh regions of 177 non-human mammals were collected to include representatives from 38 species and 10 mammalian orders. Animals were collected from local farms, zoos, households, and the wild. All samples were amplified using the V3-V4 16S rRNA gene region and sequenced using a MiSeq (Illumina). For reference, previously published skin microbiome data from 20 human participants, sampled using an identical protocol to the non-human mammals, were included in the analysis. Human skin was significantly less diverse than all other mammalian orders and the factor most strongly associated with community variation for all samples was whether the host was a human. Within non-human samples, host taxonomic order was the most significant factor influencing the skin community, followed by the geographic location of the habitat. By comparing the congruence between known host phylogeny and microbial community dendrograms, we observed that Artiodactyla (even-toed ungulates) and Perissodactyla (odd-toed ungulates) had significant congruence, providing first evidence of phylosymbiosis between skin communities and their hosts. Significance Skin forms a critical protective barrier between a mammal and its external environment. Baseline data on the mammalian skin microbiome is crucial for making informed decisions related to veterinary research and biodiversity conservation strategies, in addition to providing insight into mammalian evolutionary history. To our knowledge, this study represents the largest mammalian skin microbiota project to date. These findings demonstrate that human skin is distinct, not only from other Primates, but from all 10 mammalian orders sampled. Using phylosymbiosis analysis, we provide the first evidence that co-evolution may be occurring between skin communities and their mammalian hosts, which warrants more in-depth future studies of the relationships between mammals and their skin microbiota.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».