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Enregistrement W2762813577 · doi:10.1161/circgenetics.117.001778

New Blood Pressure–Associated Loci Identified in Meta-Analyses of 475 000 Individuals

2017· article· en· W2762813577 sur OpenAlexfundno aff

Notice bibliographique

RevueCirculation Cardiovascular Genetics · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesInstitute of GeneticsNational Institute of Environmental Health SciencesNational Center for Research ResourcesNational Institute of General Medical SciencesNHLBI Division of Intramural ResearchNational Institute on AgingNIHR Leicester Biomedical Research CentreNIHR Oxford Biomedical Research CentreBarts and The London School of Medicine and DentistrySchool of Medicine, Stanford UniversityUniversity of IoanninaSygehus LillebæltHjartaverndNovo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic ResearchUniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego w PoznaniuVaasan KeskussairaalaNovo Nordisk FondenMedical Research CouncilUppsala UniversitetTartu ÜlikoolNational Center for Advancing Translational SciencesEconomic and Social Research CouncilUniversità degli Studi di VeronaNational Institute of Mental HealthSyddansk UniversitetDeutsches Zentrum für Herz-KreislaufforschungUniversitair Medisch Centrum GroningenUniversità Cattolica del Sacro CuoreUniversity of DundeeSamfundet FolkhälsanCentre for Cognitive Ageing and Cognitive EpidemiologyDasman Diabetes InstituteKuopion Yliopistollinen SairaalaRegion HovedstadenNovo NordiskFaculty of Health and Medical Sciences, University of Western AustraliaNational University of SingaporeBritish Heart FoundationHáskóli ÍslandsKing Abdulaziz UniversityUniversity of BristolOulun YliopistoUniversity of GlasgowRijksuniversiteit GroningenDonau-Universität KremsUniversity of LeicesterMcGovern Medical SchoolVanderbilt University Medical CenterImperial College LondonNational Human Genome Research InstituteSchool of Medicine, Vanderbilt UniversityRigshospitaletUniversity of Texas Health Science Center at HoustonNational Institute for Health and Care ResearchDet Sundhedsvidenskabelige Fakultet, Københavns UniversitetUniversity of North Carolina at Chapel HillScience for Life LaboratoryQueen Mary University of LondonHarvard T.H. Chan School of Public HealthWellcome TrustNational Cancer InstituteLundbeckfondenUniversity College LondonImperial College Healthcare NHS TrustErasmus Medisch CentrumUniversity of OxfordNational Institutes of HealthVanderbilt-Ingram Cancer CenterUniversity of WashingtonBrigham and Women's HospitalNational Heart, Lung, and Blood InstituteBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilItä-Suomen YliopistoNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesHelsingin ja Uudenmaan SairaanhoitopiiriMassachusetts General HospitalMRC-PHE Centre for Environment and HealthUmeå UniversitetTaysSteno Diabetes Center CopenhagenLunds UniversitetTerveyden ja hyvinvoinnin laitosKing's College LondonHarokopio UniversityVanderbilt University
Mots-clésGeneAlleleGenetic variationCandidate genePhenotypeGene expressionHaplotypeFunction (biology)Expression quantitative trait loci

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background— Genome-wide association studies have recently identified >400 loci that harbor DNA sequence variants that influence blood pressure (BP). Our earlier studies identified and validated 56 single nucleotide variants (SNVs) associated with BP from meta-analyses of exome chip genotype data. An additional 100 variants yielded suggestive evidence of association. Methods and Results— Here, we augment the sample with 140 886 European individuals from the UK Biobank, in whom 77 of the 100 suggestive SNVs were available for association analysis with systolic BP or diastolic BP or pulse pressure. We performed 2 meta-analyses, one in individuals of European, South Asian, African, and Hispanic descent (pan-ancestry, ≈475 000), and the other in the subset of individuals of European descent (≈423 000). Twenty-one SNVs were genome-wide significant ( P <5×10 − 8 ) for BP, of which 4 are new BP loci: rs9678851 (missense, SLC4A1AP ), rs7437940 ( AFAP1 ), rs13303 (missense, STAB1 ), and rs1055144 ( 7p15.2 ). In addition, we identified a potentially independent novel BP-associated SNV, rs3416322 (missense, SYNPO2L ) at a known locus, uncorrelated with the previously reported SNVs. Two SNVs are associated with expression levels of nearby genes, and SNVs at 3 loci are associated with other traits. One SNV with a minor allele frequency <0.01, (rs3025380 at DBH ) was genome-wide significant. Conclusions— We report 4 novel loci associated with BP regulation, and 1 independent variant at an established BP locus. This analysis highlights several candidate genes with variation that alter protein function or gene expression for potential follow-up.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,010
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,015
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: Méta-analyse
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,055

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0100,015
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0050,022
Bibliométrie0,0040,007
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0030,001
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,091
Tête enseignante GPT0,332
Écart entre enseignants0,241 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations46
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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