Molecular details of the unique mechanism of chloride transport by a cyanobacterial rhodopsin
Notice bibliographique
Résumé
Microbial rhodopsins are well known as versatile and ubiquitous light-driven ion transporters and photosensors. While the proton transport mechanism has been studied in great detail, much less is known about various modes of anion transport. Until recently, only two main groups of light-driven anion pumps were known, archaeal halorhodopsins (HRs) and bacterial chloride pumps (known as ClRs or NTQs). Last year, another group of cyanobacterial anion pumps with a very distinct primary structure was reported. Here, we studied the chloride-transporting photocycle of a representative of this new group, Mastigocladopsis repens rhodopsin (MastR), using time-resolved spectroscopy in the infrared and visible ranges and site-directed mutagenesis. We found that, in accordance with its unique amino acid sequence containing many polar residues in the transmembrane region of the protein, its photocycle features a number of unusual molecular events not known for other anion-pumping rhodopsins. It appears that light-driven chloride ion transfers by MastR are coupled with translocation of protons and water molecules as well as perturbation of several polar sidechains. Of particular interest is transient deprotonation of Asp-85, homologous to the cytoplasmic proton donor of light-driven proton pumps (such as Asp-96 of bacteriorhodopsin), which may serve as a regulatory mechanism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».