Free Energy of a Folded Polymer under Cylindrical Confinement
Notice bibliographique
Résumé
Monte Carlo computer simulations are used to study the conformational free energy of a folded polymer confined to a long cylindrical tube. The polymer is modeled as a hard-sphere chain. Its conformational free energy F is measured as a function of λ, the end-to-end distance of the polymer. In the case of a flexible linear polymer, F (λ) is a linear function in the folded regime with a gradient that scales as f ≡ |d F /dλ| ∼ N 0 D –1.20±0.01 for a tube of diameter D and a polymer of length N . This is close to the prediction f ∼ N 0 D –1 obtained from simple scaling arguments. The discrepancy is due in part to finite-size effects associated with the de Gennes blob model. A similar discrepancy was observed for the folding of a single arm of a three-arm star polymer. We also examine backfolding of a semiflexible polymer of persistence length P in the classic Odijk regime. In the overlap regime, the derivative scales f ∼ N 0 D –1.72±0.02 P –0.35±0.01, which is close to the prediction f ∼ N 0 D –5/3 P –1/3 obtained from a scaling argument that treats interactions between deflection segments at the second virial level. In addition, the measured free energy cost of forming a hairpin turn is quantitatively consistent with a recent theoretical calculation. Finally, we examine the scaling of F (λ) for a confined semiflexible chain in the presence of an S-loop composed of two hairpins. While the predicted scaling of the free energy gradient is the same as that for a single hairpin, we observe a scaling of f ∼ D –1.91±0.03 P –0.36±0.01 . Thus, the quantitative discrepancy between this measurement and the predicted scaling is somewhat greater for S-loops than for single hairpins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».