Free Energy of a Folded Polymer under Cylindrical Confinement
Notice bibliographique
Résumé
Monte Carlo computer simulations are used to study the conformational free energy of a folded polymer confined to a long cylindrical tube. The polymer is modeled as a hard-sphere chain. Its conformational free energy F is measured as a function of λ, the end-to-end distance of the polymer. In the case of a flexible linear polymer, F (λ) is a linear function in the folded regime with a gradient that scales as f ≡ |d F /dλ| ∼ N 0 D –1.20±0.01 for a tube of diameter D and a polymer of length N . This is close to the prediction f ∼ N 0 D –1 obtained from simple scaling arguments. The discrepancy is due in part to finite-size effects associated with the de Gennes blob model. A similar discrepancy was observed for the folding of a single arm of a three-arm star polymer. We also examine backfolding of a semiflexible polymer of persistence length P in the classic Odijk regime. In the overlap regime, the derivative scales f ∼ N 0 D –1.72±0.02 P –0.35±0.01, which is close to the prediction f ∼ N 0 D –5/3 P –1/3 obtained from a scaling argument that treats interactions between deflection segments at the second virial level. In addition, the measured free energy cost of forming a hairpin turn is quantitatively consistent with a recent theoretical calculation. Finally, we examine the scaling of F (λ) for a confined semiflexible chain in the presence of an S-loop composed of two hairpins. While the predicted scaling of the free energy gradient is the same as that for a single hairpin, we observe a scaling of f ∼ D –1.91±0.03 P –0.36±0.01 . Thus, the quantitative discrepancy between this measurement and the predicted scaling is somewhat greater for S-loops than for single hairpins.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».