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Enregistrement W2763929624 · doi:10.1101/196048

Multiethnic meta-analysis identifies new loci for pulmonary function

2017· preprint· en· W2763929624 sur OpenAlexaff
Annah B. Wyss, Tamar Sofer, Mi Kyeong Lee, Natalie Terzikhan, Jennifer Nguyen, Lies Lahousse, Jeanne C. Latourelle, Albert V. Smith, Traci M. Bartz, Mary F. Feitosa, Wei Gao, Tarunveer S. Ahluwalia, Wenbo Tang, Christopher Oldmeadow, Qing Duan, Kim de Jong, Mary K. Wojczynski, Xin-Qun Wang, Raymond Noordam, Fernando Pires Hartwig, Victoria E. Jackson, Tianyuan Wang, Ma’en Obeidat, Brian D. Hobbs, Tianxiao Huan, Gleb Kichaev, Jianping Jin, Mariaelisa Graff, Tamara B. Harris, Ravi Kalhan, Susan R. Heckbert, Lavinia Paternoster, Kristin M. Burkart, Yongmei Liu, James G. Wilson, Judith M. Vonk, Jason L. Sanders, R. Graham Barr, Renée de Mutsert, Ana Maria Baptista Menezes, Hieab H.H. Adams, Maarten van den Berge, Roby Joehanes, Lenore J. Launer, Alanna C. Morrison, Colleen M. Sitlani, Juan C. Celedón, Stephen B. Kritchevsky, Rodney J. Scott, Kaare Christensen, Jerome I. Rotter, Tobias Bonten, Fernando C. Wehrmeister, Yohan Bossé, Nora Franceschini, Jennifer A. Brody, Robert C. Kaplan, Kurt Lohman, Mark McEvoy, Michael A. Province, Frits R. Rosendaal, Kent D. Taylor, David C. Nickle, Kari E. North, Myriam Fornage, Bruce M. Psaty, Richard H. Myers, George O'connor, Torben Hansen, Cathy C. Laurie, Pat Cassano, Joohon Sung, Woo Jin Kim, John Attia, Leslie A. Lange, H. Marike Boezen, Bharat Thyagarajan, Stephen S. Rich, Dennis O. Mook‐Kanamori, Bernardo Lessa Horta, André G. Uitterlinden, Don D. Sin, Hae Kyung Im, Michael H. Cho, Guy Brusselle, Sina A. Gharib, Josée Dupuis, Ani Manichaikul, Stephanie J. London

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2017
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensInstitut universitaire de cardiologie et de pneumologie de QuébecUniversité LavalSt. Paul's HospitalUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institutes of HealthNational Institute of Environmental Health SciencesUniversity of LeicesterYale University
Mots-clésLinkage disequilibriumBiologyGeneticsGenome1000 Genomes ProjectGeneGenome-wide association studyGenetic associationENCODEPopulationLinkage (software)Computational biologyHaplotypeAlleleSingle-nucleotide polymorphismGenotypeMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Nearly 100 loci have been identified for pulmonary function, almost exclusively in studies of European ancestry populations. We extend previous research by meta-analyzing genome-wide association studies of 1000 Genomes imputed variants in relation to pulmonary function in a multiethnic population of 90,715 individuals of European (N=60,552), African (N=8,429), Asian (N=9,959), and Hispanic/Latino (N=11,775) ethnicities. We identified over 50 novel loci at genome-wide significance in ancestry-specific and/or multiethnic meta-analyses. Recent fine mapping methods incorporating functional annotation, gene expression, and/or differences in linkage disequilibrium between ethnicities identified potential causal variants and genes at known and newly identified loci. Sixteen of the novel genes encode proteins with predicted or established drug targets, including KCNK2 and CDK12.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,005
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,007
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,028

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0050,007
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,007
Bibliométrie0,0020,004
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0030,001
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,049
Tête enseignante GPT0,283
Écart entre enseignants0,234 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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