Microbial diversity assessment within continuous subsurface sediment core of estuarine region of Mahi river basin, Western India
Notice bibliographique
Résumé
The Mahi estuary is located at the western fringe of the Gujarat alluvial plain in Mainland Gujarat and presents an interesting geomorphic set up. Subsurface microbial diversity plays a vital role in maintenance of good soil health, because microorganisms are involved in many essential functions such as soil formation, elemental cycles, contaminant degradation, and the maintenance of groundwater quality. In the Indian subcontinent, subsurface microbial processes and the diversity are not well studied. Understanding of subsurface microbial diversity of Mahi river basin will help to understand microbial ecology of the Indian subcontinent. Here we examined depth related bacterial diversity pattern within different strata of a vertical sediment section of estuarine region of Mahi river basin. Sediment core samples were collected by core drilling method from Chokari (~17 m deep) (CRD). Upper ~8 m part of sediment core comprises of an estuarine sequence (Holocene age) which is underlain by fluvial sequence (pleistocene age) that continues further down the core. We selected two samples from depth 61.25 cm and 187.5 cm (CRD 2 and CRD 6, respectively) which lie within estuarine sequence and one sample (CRD 27) from 1000 cm depth which lies within fluvial sequence for microbial diversity analysis by using Illumina based sequencing of V3-V4 region of 16S rRNA gene. Total 642462 reads (~ length 250 bp) were obtained which comprised of 32763 OTUs (Operational Taxonomic Units). Abundant OTUs were affiliated with Actinobacteria, Bacteroidetes, Proteobacteria, Plancomycetes, Firmicutes, Chloroflexi, Cyanobacteria, Acidobacteria, and candidate division TM7 phyla. Actinobacteria, Proteobacteria, Firmicutes, Cyanobacteria and candidate division TM7 decreased significantly as the depth decreases. Within paleosols of late pleistocene age (CRD 27) Bacteroidetes were comprise of 75.32% OTUs while within Holocene samples it comprises of only 19.78% and 1.63% OTUs (CRD 2 and CRD 6, respectively). Taxonomic patterns of OTUs were similar within Holocene samples while pleistocene sediment sample shows different pattern based on pairwise beta-diversity patterns. Conclusively microbial diversity within subsurface sediment core of estuarine region of Mahi river basin are highly diverse indicating availability of different energy source and electron acceptors in microhabitats within the estuarine region of Mahi river basin.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».