Does epigenome is influenced by allopollyploidisation during the evolution of Gossypium hirsutum
Notice bibliographique
Résumé
In ecological and evolutionary time scale, Darwinian selection acts on each nucleotide to shape the whole genome. Beside nucleotide diversity, epigenetic modifications seem to be conserved in intra and inter-species during evolution. Gossypium hirsutum (A 1 D 1 ) is an allotetraploid crop plant which was evolved from morphologically different diploid ancestors by polyploidisation event expected to occur around 1 million year ago. Its progenitors are Gossypium arboreum (A) and Gossypium ramondii (D) and they are still available for study. We are keen to understand whether the epigenome structure of A-and Dsubgenomes are conserved or influenced by polyploidisation? To understand the influence of polyploidisation on the epigenome, it is important to determine conserved DNA elements which are under purifying selection during evolution. We aligned whole genome sequences of Gossypium hirsutum, Gossypium arboreum, Gossypium ramondii and T. cacoa by LASTZ aligner taking T. cacoa as a reference genome. Our analysis revealed conserved DNA elements and their distribution in the A/D sub-genomes. The portion of the A/D sub-genome under purifying selection is also determined. Our future study on DNA methylome of Gossypium arboreum (A) and Gossypium ramondii (D) and AD-genome of Gossypium hirsutum and their correlation with conserved DNA elements will reveal influence of polyploidisation on epigenome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».