Genetic heterogeneity among <i>Vibrio alginolyticus</i> strains, and design of a PCR-based identification method using <i>gyrB</i> gene sequence
Notice bibliographique
Résumé
Vibrio alginolyticus, a pathogen among humans and marine animals, is ubiquitous in marine environments. The aims of this study were to analyze the relationships between genetic diversity and origins, and to develop new primers based on the gyrB sequence to identify V. alginolyticus isolated from various sources. To determine the genetic diversity of this bacterium, an arbitrarily primed polymerase chain reaction (AP-PCR) technique was performed on 36 strains of V. alginolyticus isolated from diarrhea patients and from diseased marine animals and environments in southern Thailand. The results showed distinct DNA fingerprints of all strains, indicating that they are genetically heterogeneous. For species-specific identification of V. alginolyticus, primers targeting the gyrB gene of V. alginolyticus were developed. Thirty reference Vibrio spp., 13 non-Vibrio spp., and 160 strains of V. alginolyticus isolated from various sources in southern Thailand were used to evaluate the specificity of these primers. Our results showed that the gyrB primers could specifically identify V. alginolyticus from all sample types. In addition, the detection limit of the PCR was at least 95 pg of DNA template. Therefore, we concluded that the newly designed gyrB primers are rapid, highly sensitive, and specific to identify V. alginolyticus isolated from various sources.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».