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Enregistrement W2765506009 · doi:10.1038/s41598-017-14701-5

Oligomerization and ATP stimulate condensin-mediated DNA compaction

2017· article· en· W2765506009 sur OpenAlexafffund
Ross A. Keenholtz, Thillaivillalan Dhanaraman, Roger Palou, Jia Yu, Damien D’Amours, John F. Marko

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Chromatin Dynamics
Établissements canadiensUniversity of OttawaUniversité de MontréalInstitute for Research in Immunology and Cancer
Organismes subventionnairesDivision of Materials ResearchNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Institute of General Medical SciencesNational Science FoundationNational Institutes of HealthNational Cancer InstituteCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésCondensinChromatinMagnetic tweezersDNAATP hydrolysisBiophysicsMitosisCell biologyCompactionChemistryBiologyBiochemistryEnzymeMaterials scienceCohesinATPase

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Large-scale chromatin remodeling during mitosis is catalyzed by a heteropentameric enzyme known as condensin. The DNA-organizing mechanism of condensin depends on the energy of ATP hydrolysis but how this activity specifically promotes proper compaction and segregation of chromosomes during mitosis remains poorly understood. Purification of budding yeast condensin reveals that it occurs not only in the classical heteropentameric "monomer" form, but that it also adopts much larger configurations consistent with oligomerization. We use a single-DNA magnetic tweezers assay to study compaction of DNA by yeast condensin, with the result that only the multimer shows ATP-enhanced DNA-compaction. The compaction reaction involves step-like events of 200 nm (600 bp) size and is strongly suppressed by forces above 1 pN, consistent with a loop-capture mechanism for initial binding and compaction. The compaction reactions are largely insensitive to DNA torsional stress. Our results suggest a physiological role for oligomerized condensin in driving gradual chromatin compaction by step-like and slow "creeping" dynamics consistent with a loop-extrusion mechanism.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,398
Score d'incertitude au seuil0,390

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,245
Écart entre enseignants0,235 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations46
Publié2017
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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