The non‐visual opsins: eighteen in the ancestor of vertebrates, astonishing increase in ray‐finned fish, and loss in amniotes
Notice bibliographique
Résumé
Non-visual opsins were discovered in the early 1990s. These genes play roles in circadian rhythm in mammals, seasonal reproduction in birds, light avoidance in amphibian larvae, and neural development in fish. However, the interpretation of such studies and the success of future work are compromised by the fact that non-visual opsin repertoires have not been properly characterized in any of these lineages. Here, we show that non-visual opsins from tetrapods and ray-finned fish are distributed among 18 monophyletic subfamilies. An amphibian sequence occurs in every subfamily, whereas mammalian orthologs occur in only seven. Species in the major ray-finned fish lineages, Holostei, Osteoglossomorpha, Otomorpha, Protacanthopterygii, and Neoteleostei, have large numbers of non-visual opsins (22-32 genes) as a result of gene duplication events including, but not limited to, the teleost genome duplication (TGD). In contrast to visual opsins, where lineage-specific duplication is common, the ray-finned fish non-visual opsin repertoire appears to have stabilized shortly after the TGD event and consequently even distantly related species have repertoires of similar size and composition. Most non-visual opsins have been named without the benefit of a phylogenetic perspective and, accordingly, major revisions are proposed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».