F-044DETECTION OF TUMOUR-SPECIFIC MUTATIONS IN PLASMA DEOXYRIBONUCLEIC ACID: A POTENTIAL OESOPHAGEAL ADENOCARCINOMA BIOMARKER
Notice bibliographique
Résumé
Objectives: There has recently been renewed interest in the use of “liquid biopsy” and detection of cell-free tumour DNA as a potential biomarker for cancer diagnosis, prognosis, treatment-monitoring and therapeutic selection. We have developed a novel, barcoded next-generation sequencing approach called SimSen-Seq to facilitate ultra-sensitive detection of circulating tumour DNA and we are applying it to samples from patients with oesophageal adenocarcinoma (EAC). The purpose of this study is to determine how detection and quantification of circulating tumour DNA (ctDNA) changes with disease burden in patients with EAC and to thus evaluate its potential as a biomarker in this patient population. Methods: Blood samples were obtained from patients with Stage I-IV EAC. Longitudinal blood samples were collected from a subset of patients undergoing a combination of neoadjuvant therapy, surgery and adjuvant chemotherapy. Imaging studies and pathology reports were reviewed to determine disease course. Tumour samples were obtained and tumour DNA was sequenced using a targeted EAC panel to identify mutations. SimSen-Seq assays were developed for each patient and used to generate sequencing libraries from cell-free DNA isolated from plasma. Mutations in plasma were identified, quantified and associations with disease stage and response to therapy were explored. Results: Plasma from 30 patients has been analysed; 5 stage I, 6 stage II, 14 stage III, and 5 stage IV. Mutations have been detected in 15 plasma samples (1/5 stage I, 3/6 stage II, 7/14 stage III, 4/5 stage IV). The fraction of ctDNA was found to increase with tumour stage. Longitudinal plasma samples have been analysed from 2 patients and the fraction of ctDNA shows correlation with disease burden and response to therapy. Conclusions: ctDNA can be detected in plasma of EAC patients and correlates with disease burden. ctDNA should be explored further as a possible biomarker in EAC. Disclosure: No significant relationships.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».