Molecular Epidemiology of Tuberculosis in British Columbia, Canada: A 10-Year Retrospective Study
Notice bibliographique
Résumé
Background: Understanding regional molecular epidemiology allows for the development of more efficient tuberculosis prevention strategies in low-incidence settings. Methods: We analyzed 24-locus mycobacterial interspersed repetitive-unit-variable-number tandem repeat (MIRU-VNTR) genotyping for 2290 Mycobacterium tuberculosis clinical isolates collected in the province of British Columbia (BC), Canada, in 2005-2014. Laboratory data for each isolate were linked to case-level clinical and demographic data. These data were used to describe the molecular epidemiology of tuberculosis across the province. Results: We detected >1500 distinct genotypes across the 4 major M. tuberculosis lineages, reflecting BC's diverse population. Disease site and clustering rates varied across lineages, and MIRU-VNTR was used to group the 2290 isolates into 189 clusters (2-70 isolates per cluster), with an overall clustering rate of 42.4% and an estimated local transmission rate of 34.1%. Risk factors for clustering varied between Canadian-born and foreign-born individuals; the former had increased odds (odds ratio, 7.8; 95% confidence interval [CI], 6.2-9.6) of belonging to a genotypic cluster, although nearly one-quarter of clusters included both Canadian- and foreign-born persons. Large clusters (≥10 cases) occurred more frequently within the M. tuberculosis Euro-American lineage, and individual-level risk factors associated with belonging to a large cluster included being Canadian born (adjusted odds ratio, 3.3; 95% CI, 2.3-4.8), residing in a rural area (2.3; 1.2-4.5), and illicit drug use (2.0; 1.2-3.4). Conclusions: Although tuberculosis in BC largely arises through reactivation of latent tuberculosis in foreign-born persons, locally transmitted infections occur in discrete populations with distinct disease and risk factor profiles, representing groups for targeted interventions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».