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Enregistrement W2766630000 · doi:10.1038/s41467-017-01450-2

The effect of artificial selection on phenotypic plasticity in maize

2017· article· en· W2766630000 sur OpenAlexaff
Joseph L. Gage, Diego Jarquín, M. Cinta Romay, Aaron J. Lorenz, Edward S. Buckler, Shawn M. Kaeppler, Naser Alkhalifah, Martin Bohn, Darwin A. Campbell, Jode W. Edwards, David Ertl, Sherry Flint-García, Jack M. Gardiner, B. Good, Candice N. Hirsch, James B. Holland, David C. Hooker, J. Knoll, Judith M. Kolkman, Greg R. Kruger, Nick Lauter, Carolyn J. Lawrence‐Dill, Elizabeth Lee, Jonathan P. Lynch, Seth C. Murray, Rebecca Nelson, Jane Petzoldt, Torbert Rocheford, James C. Schnable, Patrick S. Schnable, Brian T. Scully, Margaret E. Smith, Nathan M. Springer, Srikant Srinivasan, R. B. Walton, Teclemariam Weldekidan, Randall J. Wisser, Wenwei Xu, Jianming Yu, Natalia de León

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Mapping and Diversity in Plants and Animals
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesAgricultural Research ServiceNebraska Corn BoardNational Science FoundationIowa State UniversityU.S. Department of AgricultureNational Institute of Food and Agriculture
Mots-clésBiologyPhenotypic plasticityTemperate climateSelection (genetic algorithm)Adaptation (eye)Evolutionary biologyCropGeneticsProductivityGenetic variationBiotechnologyGeneAgronomyEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Remarkable productivity has been achieved in crop species through artificial selection and adaptation to modern agronomic practices. Whether intensive selection has changed the ability of improved cultivars to maintain high productivity across variable environments is unknown. Understanding the genetic control of phenotypic plasticity and genotype by environment (G × E) interaction will enhance crop performance predictions across diverse environments. Here we use data generated from the Genomes to Fields (G2F) Maize G × E project to assess the effect of selection on G × E variation and characterize polymorphisms associated with plasticity. Genomic regions putatively selected during modern temperate maize breeding explain less variability for yield G × E than unselected regions, indicating that improvement by breeding may have reduced G × E of modern temperate cultivars. Trends in genomic position of variants associated with stability reveal fewer genic associations and enrichment of variants 0-5000 base pairs upstream of genes, hypothetically due to control of plasticity by short-range regulatory elements.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,344
Score d'incertitude au seuil0,406

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,287
Écart entre enseignants0,272 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations157
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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