A recessive ataxia diagnosis algorithm for the next generation sequencing era
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: Differential diagnosis of autosomal recessive cerebellar ataxias can be challenging. A ranking algorithm named RADIAL that predicts the molecular diagnosis based on the clinical phenotype of a patient has been developed to guide genetic testing and to align genetic findings with the clinical context. METHODS: An algorithm that follows clinical practice, including patient history, clinical, magnetic resonance imaging, electromyography, and biomarker features, was developed following a review of the literature on 67 autosomal recessive cerebellar ataxias and personal clinical experience. Frequency and specificity of each feature were defined for each autosomal recessive cerebellar ataxia, and corresponding prediction scores were assigned. Clinical and paraclinical features of patients are entered into the algorithm, and a patient's total score for each autosomal recessive cerebellar ataxia is calculated, producing a ranking of possible diagnoses. Sensitivity and specificity of the algorithm were assessed by blinded analysis of a multinational cohort of 834 patients with molecularly confirmed autosomal recessive cerebellar ataxia. The performance of the algorithm was assessed versus a blinded panel of autosomal recessive cerebellar ataxia experts. RESULTS: The correct diagnosis was ranked within the top 3 highest-scoring diagnoses at a sensitivity and specificity of >90% for 84% and 91% of the evaluated genes, respectively. Mean sensitivity and specificity of the top 3 highest-scoring diagnoses were 92% and 95%, respectively. The algorithm outperformed the panel of ataxia experts (p = 0.001). INTERPRETATION: Our algorithm is highly sensitive and specific, accurately predicting the underlying molecular diagnoses of autosomal recessive cerebellar ataxias, thereby guiding targeted sequencing or facilitating interpretation of next-generation sequencing data. Ann Neurol 2017;82:892-899.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».