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Enregistrement W2766773147 · doi:10.1016/j.celrep.2017.10.009

Low-Grade Astrocytoma Mutations in IDH1, P53, and ATRX Cooperate to Block Differentiation of Human Neural Stem Cells via Repression of SOX2

2017· article· en· W2766773147 sur OpenAlexfundno aff
Aram S. Modrek, Danielle Golub, Themasap A. Khan, Devin Bready, Jod Prado, Christopher Bowman, Jingjing Deng, Guoan Zhang, Pedro P. Rocha, Ramya Raviram, Charalampos Lazaris, James M. Stafford, Gary LeRoy, Michael Kader, Joravar Dhaliwal, N. Sumru Bayın, Joshua D. Frenster, Jonathan Serrano, Luis Chiriboga, Rabaa Baitalmal, Gouri J. Nanjangud, John G. Golfinos, Jing Wang, Matthias A. Karajannis, Richard Bonneau, Danny Reinberg, Aristotelis Tsirigos, David Zagzag, Matija Snuderl, Jane A. Skok, Thomas A. Neubert, Dimitris G. Placantonakis

Notice bibliographique

RevueCell Reports · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueGlioma Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthFriedberg Charitable FoundationNational Science CouncilNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute of General Medical SciencesNew York State Stem Cell ScienceSimons FoundationLeukemia and Lymphoma SocietyHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésATRXBiologyNeural stem cellSOX2ChromatinPsychological repressionTranscription factorGene silencingCancer researchCell biologyMolecular biologyStem cellMutationGeneticsDNAGeneGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Low-grade astrocytomas (LGAs) carry neomorphic mutations in isocitrate dehydrogenase (IDH) concurrently with P53 and ATRX loss. To model LGA formation, we introduced R132H IDH1, P53 shRNA, and ATRX shRNA into human neural stem cells (NSCs). These oncogenic hits blocked NSC differentiation, increased invasiveness in vivo, and led to a DNA methylation and transcriptional profile resembling IDH1 mutant human LGAs. The differentiation block was caused by transcriptional silencing of the transcription factor SOX2 secondary to disassociation of its promoter from a putative enhancer. This occurred because of reduced binding of the chromatin organizer CTCF to its DNA motifs and disrupted chromatin looping. Our human model of IDH mutant LGA formation implicates impaired NSC differentiation because of repression of SOX2 as an early driver of gliomagenesis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,136
Score d'incertitude au seuil0,379

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,282
Écart entre enseignants0,263 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations128
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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