An Image Analysis Resource for Cancer Research: PIIP—Pathology Image Informatics Platform for Visualization, Analysis, and Management
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Pathology Image Informatics Platform (PIIP) is an NCI/NIH sponsored project intended for managing, annotating, sharing, and quantitatively analyzing digital pathology imaging data. It expands on an existing, freely available pathology image viewer, Sedeen. The goal of this project is to develop and embed some commonly used image analysis applications into the Sedeen viewer to create a freely available resource for the digital pathology and cancer research communities. Thus far, new plugins have been developed and incorporated into the platform for out of focus detection, region of interest transformation, and IHC slide analysis. Our biomarker quantification and nuclear segmentation algorithms, written in MATLAB, have also been integrated into the viewer. This article describes the viewing software and the mechanism to extend functionality by plugins, brief descriptions of which are provided as examples, to guide users who want to use this platform. PIIP project materials, including a video describing its usage and applications, and links for the Sedeen Viewer, plug-ins, and user manuals are freely available through the project web page: http://pathiip.org. Cancer Res; 77(21); e83–86. ©2017 AACR.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».