Stereoselective Deuteration in Aspartate, Asparagine, Lysine, and Methionine Amino Acid Residues Using Fumarate as a Carbon Source for <i>Escherichia coli</i> in D<sub>2</sub>O
Notice bibliographique
Résumé
Perdeuteration with selective 1 H, 13 C-enrichment of methyl groups has enabled solution NMR studies of large (>30 kDa) protein systems. However, we propose that for all non-methyl positions, only magnetization originating from 1 H– 12 C groups is sufficiently long-lived, and it can be transferred via through-space NOEs to slowly relaxing 1 H– 15 N or 1 H– 13 C methyl groups to achieve multidimensional solution NMR. We demonstrate stereoselective 1 H, 12 C-labeling by adding relatively inexpensive unlabeled carbon sources to Escherichia coli growth media in D 2 O. Using our model system, a mutant WW domain from human Pin1, we compare deuteration patterns in 19 amino acids (all except cysteine). Protein grown using glucose as the sole carbon source had high levels of protonation in aromatic rings and the H β positions of serine and tryptophan. In contrast, using our FROMP media (fumarate, rhamnose, oxalate, malonate, pyruvate), stereoselective protonation of H β2 with deuteration at H α and H β3 was achieved in Asp, Asn, Lys, and Met residues. In solution NMR, stereospecific chemical shift assignments for H β are typically obtained in conjunction with χ 1 dihedral angle determinations using 3-bond J -coupling ( 3 J N–Hβ, 3 J CO-Hβ, 3 J Hα-Hβ ) experiments. However, due to motional averaging, the assumption of a pure rotameric state can yield incorrect χ 1 dihedral angles with incorrect stereospecific assignments. This was the case for three residues in the Pin1 WW domain (Lys28, Met30, and Asn44). Thus, stereoselective 1 H, 12 C-labeling will be useful not only for NMR studies of large protein systems, but also for determining side chain rotamers and dynamics in any protein system.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».