GENE-15. CHARACTERIZATION OF DIFFERENTIAL 5-HYDROXYMETHYLCYTOSINE IN IDH1 MUTANT VERSUS IDH1 WILD-TYPE HIGH-GRADE GLIOMAS
Notice bibliographique
Résumé
Glioblastoma demonstrates significant epigenetic dysregulation, with subgroup differences highlighted by the Glioma CpG-island methylator phenotype (G-CIMP) seen in IDH1 mutant tumors. 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) has been implicated in IDH1 wild-type tumors (Johnson et al, Nat Commun Nov 2016), however its role in IDH1 mutant gliomas remains undescribed. We examined the 5hmC and methylcytosine (5mC) profiles in high grade (WHO III/IV) IDH1 mutant (n = 12) and IDH1 wild-type (n = 9) tumors using the Illumina EPIC platform. Gene expression was profiled using the Affymetrix Human Gene 2.0 ST array. Cumulative density plots for mean 5hmC across IDH1 mutant samples demonstrated 5hmC accumulation within the last 10th percentile. To focus on probes with greatest 5hmC abundance, we assessed probes in the top 1% mean 5hmC. In addition, differentially methylated (DMR) and hydroxymethylated (DHMR) regions were identified using the R package “ChAMP” comparing IDH1 mutant to wild-type tumors. No significant difference in 5hmC between groups was evident, with a mean 5hmC of 18.9% and 15.7% for IDH1 mutant and wild-type, respectively. Top 1% 5hmC probes preferentially marked Open Sea and CpG island shores and predominantly associated with intronic genomic regions. Enhancer probes were enriched in both subgroups. Of genes defining the G-CIMP phenotype, 28/50 were differentially methylated, while 22/50 G-CIMP genes were differentially hydroxymethylated suggesting that 5hmC may contribute to aberrant methylation defining G-CIMP tumors. Among 1367 differentially expressed genes, 48 demonstrated positive Spearman correlation between 5hmC and gene expression (r=0.5 or greater, p < 0.05) including genes implicated in gliomagenesis and novel candidates. FAM171B demonstrated the highest correlation (r = 0.80, p = 0.00002). DHMR genes were enriched for members of several biologic processes (including nervous system development, cell adhesion, cell-cell signalling, cell differentiation, response to hypoxia) and pathways (including ERK signalling, Wnt/Hedgehog/Notch signalling, targets of C-MYC transcriptional regression).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».