CSIG-12. EXPLORING THE FUNCTIONAL RELATIONSHIP BETWEEN CAPICUA (CIC) AND ATAXIN-1-LIKE (ATXN1L) IN GLIOMA
Notice bibliographique
Résumé
Oligodendroglioma (ODG), a molecularly defined subtype of glioma, is a treatment responsive, slow growing tumour strongly associated with IDH mutation and 1p19q co-deletion. Mutations in CIC, located on chromosome 19q, have been found in up to 70% of IDH mutated, 1p19q co-deleted ODGs; suggesting that loss or altered function of CIC may be crucially associated with ODG’s unique biology. CIC and ATXN1L have previously been implicated in neurodegeneration, however, this interaction has not been studied in cancer. CIC and ATXN1L interaction was confirmed using immunoprecipitation and immunofluorescence in multiple cell lines. CIC and ATXN1L knockout (KO) cell lines were generated using CRISPR/Cas9 followed by gene expression profiling using Affymetrix microarray. Differential gene expression analysis was also performed on patient lower grade glioma (LGG) RNAseq data publicly available through TCGA. Functional biology experiments to further characterize CIC-ATXN1L interaction were also performed using KO cell systems. Immunoprecipitation and immunofluorescence confirmed CIC and ATXN1L interaction within the cell nucleus of multiple cell lines. Differential expression (DE) analysis of CIC KO, ATXN1L KO and TCGA LGG cohort converged on activation of the MAPK pathway and dysregulation of central nervous system development; with significant overlap in differentially expressed genes (n=110). Furthermore, experiments using our KO cell systems suggest a functionally reciprocal relationship between CIC and ATXN1L and regulation of their respective pathways. CIC and ATXN1L form a functionally reciprocal relationship where loss of one partner leads to dysregulation of both partners. Although CIC mutations are predominant in ODGs, the CIC-ATXN1L axis may be exploited in other gliomas and cancers which rely on maintaining MAPK signaling such as EGFR amplified glioblastoma and may be a target for future prognostics and therapeutics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».