GENE-37. PATHWAY ANALYSIS OF RADIATION-INDUCED MENINGIOMAS REVEALS THAT TUMOURS WITH NF2-FUSION HAVE UPREGULATION OF INFLAMMATORY PATHWAYS
Notice bibliographique
Résumé
As more pediatric cancer patients are surviving into adulthood from improved oncological therapy there is an increase in the long-term sequelae of treatment. Radiation-induced meningiomas (RIMs), one such secondary effect, demonstrate significantly different biology than sporadic meningiomas (SMs) and demonstrate clinically more aggressive behaviour. RIMs have been shown to not harbor mutations in common SM associated driver genes, such as NF2, TRAF7, KLF4, PIK3CA and SMO; however, a subset of RIMs have genomic rearrangements with NF2 gene fused to a reciprocal gene, which was previously not seen in SMs. We aimed to compare and contrast the gene expression in RIMs with and without the NF2-fusion event. A primary cohort of 7 RIMs with NF2-fusion and 12 RIMs with wildtype NF2 had RNA sequencing performed using the Illumina HiSeq platform. RNA-Seq expression profiles were analyzed using edgeR, available through BioConductor. Gene Set Enrichment Analysis was performed using Cytoscape®. Principle component analysis of the RNA-Seq data showed that 5/7 RIMs with NF2-fusion were similar to one another. One of the outliers was the only NF2-fusion RIM without a 1p chromosomal arm loss. Significant differentially expressed genes included IGF-1 (log2 of fold change or logFC = 4.14, p=2.65E-05), MME (logFC = 3.03, p = 3.56E-03) and MMP16(logFC = 2.47, p=8.14E-03). Notably, the pathway analysis demonstrated that there was an upregulation of immune/inflammation pathways involving PD-1, STAT-4, IGF-1 and other genes in RIMs with NF2-fusion compared to RIMs with NF2 wildtype. RIMs with the NF2-fusion event have a distinct gene expression profile, with upregulation of inflammatory pathways. Further studies need to be performed to validate these findings using immunohistochemistry. These results suggest that NF2-fusion RIMs may be candidates for immunotherapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».