Identification of DNA gyrase Subunit a Mutations Associated with Ciprofloxacin Resistance in Staphylococcus aureus Isolated from Nasal Infection in Kurdistan-Iran
Notice bibliographique
Résumé
Fluoroquinolone antibiotics such as ciprofloxacin are useful drugs against infections caused by Staphylococcus aureus and mutations in DNA gyrase which control bacterial DNA topology, can be one of the reason of occurrence resistance to this class of antibiotics. Therefore finding new mutations and study of the quinolone interaction with mutated GyrA can provide important issues for explanation resistance. In this study 5 ciprofloxacin resistance Staphylococcus aureus isolated among 50 collected S.aureus strains. By PCR testing, gyrA genes in resistance strains was amplified and nucleotide sequencing was done. Nucleotide sequences translate to amino acid sequences then by blastp homology between each GyrA mutant and reference GyrA were compared and mutations were recognized, at last molecular docking were done for GyrA protein and ciprofloxacin, based on free energy of binding decide if the mutations are responsible of resistance or not. The results show glutamic acid and threonine adjacent to each other in common positions 21-22, 32-33, 65-66, 84-85, 101-102, 106-107, 128-129 and 138-139 in all 5 strains were inserted . In order to finding association between mutations and ciprofloxacin resistance molecular docking by Molegro Virtual Docker 5.5 was done. Free energy of binding between reference GyrA- ciprofloxacin and mutant GyrA- ciprofloxacin were -92.3477 and -73.1642 respectively. We conclude different mutations can be affected structure of GyrA and make ciprofloxacin resistance. Finding these kinds of mutations are important and preventing them is indispensable.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».