Biochemical characterization of INTS3 and C9ORF80, two subunits of hNABP1/2 heterotrimeric complex in nucleic acid binding
Notice bibliographique
Résumé
Human nucleic acid-binding protein 1 and 2 (hNABP1 and hNABP2, also known as hSSB2 and hSSB1 respectively) form two separate and independent complexes with two identical proteins, integrator complex subunit 3 (INTS3) and C9ORF80. We and other groups have demonstrated that hNABP1 and 2 are single-stranded (ss) DNA- and RNA-binding proteins, and function in DNA repair; however, the function of INTS3 and C9OFR80 remains elusive. In the present study, we purified recombinant proteins INTS3 and C9ORF80 to near homogeneity. Both proteins exist as a monomer in solution; however, C9ORF80 exhibits anomalous behavior on SDS-PAGE and gel filtration because of 48% random coil present in the protein. Using electrophoretic mobility shift assay (EMSA), INTS3 displays higher affinity toward ssRNA than ssDNA, and C9ORF80 binds ssDNA but not ssRNA. Neither of them binds dsDNA, dsRNA, or RNA : DNA hybrid. INTS3 requires minimum of 30 nucleotides, whereas C9OFR80 requires 20 nucleotides for its binding, which increased with the increasing length of ssDNA. Interestingly, our GST pulldown results suggest that the N-terminus of INTS3 is involved in protein-protein interaction, while EMSA implies that the C-terminus is required for nucleic acid binding. Furthermore, we purified the INTS3-hNABP1/2-C9ORF80 heterotrimeric complex. It exhibits weaker binding compared with the individual hNABP1/2; interestingly, the hNABP1 complex prefers ssDNA, whereas hNABP2 complex prefers ssRNA. Using reconstituted heterotrimeric complex from individual proteins, EMSA demonstrates that INTS3, but not C9ORF80, affects the nucleic acid-binding ability of hNABP1 and hNABP2, indicating that INTS3 might regulate hNABP1/2's biological function, while the role of C9ORF80 remains unknown.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».