The Inuit gut microbiome is dynamic over time and shaped by traditional foods
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The human gut microbiome represents a diverse microbial community that varies across individuals and populations, and is influenced by factors such as host genetics and lifestyle. Diet is a major force shaping the gut microbiome, and the effects of dietary choices on microbiome composition are well documented. However, it remains poorly known how natural temporal variation in diet can affect the microbiome. The traditional Inuit diet is primarily based on animal products, which are thought to vary seasonally according to prey availability. We previously investigated the Inuit gut microbiome sampled at a single time point, and found no detectable differences in overall microbiome community composition attributable to the traditional Inuit diet. RESULTS: To determine whether seasonal changes in the Inuit diet might induce more pronounced changes in the microbiome, we collected stool and toilet paper samples, and dietary information from Inuit volunteers living in Resolute Bay (Nunavut, Canada), and compared them to individuals of European descent living in Montréal (Québec, Canada) consuming a typical Western diet. We sequenced the V4 region of the 16S rRNA gene to characterize microbiome diversity and composition, and compared samples collected with toilet paper or from stool. Our results show that these sampling methods provide similar, but non-identical portraits of the microbiome. Based on toilet paper samples, we found that much of the variation in microbiome community composition could be explained by individual identity (45-61% of variation explained, depending on the beta diversity metric used), with small but significant variation (3-5%) explained by sex or geography (Nunavut or Montréal). In contrast with our previous study at one time point, sampling over the course of a year revealed that diet explains 11% of variation in community composition across all participants, and 17% of variation specifically among Nunavut participants. However, we observed no clear seasonal shifts in the microbiomes of participants from either Nunavut or Montréal. Within-individual microbial diversity fluctuated more over time in Nunavut than in Montréal, consistent with a more variable and highly individualized diet in Nunavut. CONCLUSIONS: Together, these results shows that the traditional Inuit diet and lifestyle has an impact on the composition, diversity and stability of the Inuit gut microbiome, even if the seasonality of the diet is less pronounced than expected, perhaps due to an increasingly westernized diet.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».