JASPAR 2018: update of the open-access database of transcription factor binding profiles and its web framework

2017· article· en· 1 605 citations· W2770178180 sur OpenAlex· 10.1093/nar/gkx1126

Pourquoi ce travail est-il dans la base ?

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

Affiliation canadienneUne personne signataire a déclaré un établissement canadien. C'est la seule voie dont dispose la base habituelle.

Organisme subventionnaire canadienUn organisme canadien l'a financé. Le travail peut ne porter aucune affiliation canadienne.

Scores machine (provisoires)

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Tête enseignante Opus0,084

Tête enseignante GPT0,391

Écart entre enseignants: 0,307 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation: score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Résumé

JASPAR (http://jaspar.genereg.net) is an open-access database of curated, non-redundant transcription factor (TF)-binding profiles stored as position frequency matrices (PFMs) and TF flexible models (TFFMs) for TFs across multiple species in six taxonomic groups. In the 2018 release of JASPAR, the CORE collection has been expanded with 322 new PFMs (60 for vertebrates and 262 for plants) and 33 PFMs were updated (24 for vertebrates, 8 for plants and 1 for insects). These new profiles represent a 30% expansion compared to the 2016 release. In addition, we have introduced 316 TFFMs (95 for vertebrates, 218 for plants and 3 for insects). This release incorporates clusters of similar PFMs in each taxon and each TF class per taxon. The JASPAR 2018 CORE vertebrate collection of PFMs was used to predict TF-binding sites in the human genome. The predictions are made available to the scientific community through a UCSC Genome Browser track data hub. Finally, this update comes with a new web framework with an interactive and responsive user-interface, along with new features. All the underlying data can be retrieved programmatically using a RESTful API and through the JASPAR 2018 R/Bioconductor package.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

La notice

Revue: Nucleic Acids Research
Thématique: Genomics and Chromatin Dynamics
Domaine: Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Établissements canadiens: BC Children's HospitalUniversity of British Columbia
Organismes subventionnaires: Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilMedical Research CouncilNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaDirectorate for Biological SciencesH. Lundbeck A/SVlaamse regeringUniversity of OxfordCentre National de la Recherche ScientifiqueLundbeckfondenNorges ForskningsrådWellcome TrustAgence Nationale de la RechercheCanadian Institutes of Health ResearchWeston Brain InstituteGenome CanadaUniversitetet i OsloInnovationsfonden
Mots-clés: BiologyBioconductorGenomeGenome browserDatabaseTranscription factorComputational biologyComputer scienceGenomicsGeneticsGene
Résumé présent dans OpenAlex: oui
API: /api/v1/works/W2770178180