Reactome diagram viewer: data structures and strategies to boost performance
Notice bibliographique
Résumé
Motivation: Reactome is a free, open-source, open-data, curated and peer-reviewed knowledgebase of biomolecular pathways. For web-based pathway visualization, Reactome uses a custom pathway diagram viewer that has been evolved over the past years. Here, we present comprehensive enhancements in usability and performance based on extensive usability testing sessions and technology developments, aiming to optimize the viewer towards the needs of the community. Results: The pathway diagram viewer version 3 achieves consistently better performance, loading and rendering of 97% of the diagrams in Reactome in less than 1 s. Combining the multi-layer html5 canvas strategy with a space partitioning data structure minimizes CPU workload, enabling the introduction of new features that further enhance user experience. Through the use of highly optimized data structures and algorithms, Reactome has boosted the performance and usability of the new pathway diagram viewer, providing a robust, scalable and easy-to-integrate solution to pathway visualization. As graph-based visualization of complex data is a frequent challenge in bioinformatics, many of the individual strategies presented here are applicable to a wide range of web-based bioinformatics resources. Availability and implementation: Reactome is available online at: https://reactome.org. The diagram viewer is part of the Reactome pathway browser (https://reactome.org/PathwayBrowser/) and also available as a stand-alone widget at: https://reactome.org/dev/diagram/. The source code is freely available at: https://github.com/reactome-pwp/diagram. Contact: fabregat@ebi.ac.uk or hhe@ebi.ac.uk. Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,022 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,005 | 0,007 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,051 | 0,031 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».