Identification of native and invasive subspecies of common reed (<i>Phragmites australis</i>) in Alberta, Canada, by RNase-H-dependent PCR
Notice bibliographique
Résumé
Colonies of the invasive subspecies of common reed (Phragmites australis (Cav.) Trin. ex Steud) were found in Alberta in 2016. To facilitate the rapid subspecies identification necessary to support management of this invasive subspecies, a simple and time-saving protocol was developed to differentiate the invasive from the native subspecies. This protocol was based on the RNase-H-dependent PCR (rhPCR) technique, which utilizes the DNA polymorphism found in two chloroplast DNA regions. Compared with the widely used restriction fragment length polymorphism (RFLP) protocol, the rhPCR had the same level of accuracy for subspecies identification, but is simpler and less time-consuming. Using both the rhPCR and RFLP techniques, 27 samples of P. australis derived from 21 colonies in nine Alberta counties were tested to determine their subspecies identity. Fourteen colonies were identified as invasive subspecies, and seven were native subspecies. Based on these preliminary data, we concluded that the invasive subspecies has established across Alberta, and now may be more common than the native subspecies. In addition, RFLP results confirmed that the rhPCR was accurate and could be used independently to identify P. australis subspecies in future studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».