The proteins cleaved by endogenous tryptic proteases in normal EDTA plasma by C18 collection of peptides for liquid chromatography micro electrospray ionization and tandem mass spectrometry
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The tryptic peptides from ice cold versus room temperature plasma were identified by C18 liquid chromatography and micro electrospray ionization tandem mass spectrometry (LC-ESI-MS/MS). Samples collected on ice showed low levels of endogenous tryptic peptides compared to the same samples incubated at room temperature. Plasma on ice contained peptides from albumin, complement, and apolipoproteins and others that were observed by the X!TANDEM and SEQUEST algorithms. In contrast to ice cold samples, after incubation at room temperature, greater numbers of tryptic peptides from well characterized plasma proteins, and from cellular proteins were observed. A total of 583,927 precursor ions and MS/MS spectra were correlated to 94,669 best fit peptides that reduced to 22,287 correlations to the best accession within a gene symbol and to 7174 correlations to at least 510 gene symbols with ≥ 5 independent MS/MS correlations (peptide counts) that showed FDR q-values ranging from E-9 (i.e. FDR = 0.000000001) to E-227. A set of 528 gene symbols identified by X!TANDEM and SEQUEST including C4B showed ≥ fivefold variation between ice cold versus room temperature incubation. STRING analysis of the protein gene symbols observed from endogenous peptides in normal plasma revealed an extensive protein-interaction network of cellular factors associated with cell signalling and regulation, the formation of membrane bound organelles, cellular exosomes and exocytosis network proteins. Taken together the results indicated that a pool of cellular proteins, or protein complexes, in plasma are apparently not stable and degrade soon after incubation at room temperature.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle