Comparative assembly and analysis of different sized genomes using Pacbio sequencing technology
Notice bibliographique
Résumé
PacBio is the third generation sequencing technology which is based on the single molecule real time sequencing (SMRT) platform using the property of zero-mode waveguide (ZMW). This technology generates very long reads which is best suited for various applications like de novo genome assembly, structural variations, full length transcriptomes, direct detection of base modifications etc. PacBio data can either be used alone or in combination with the illumina based shorter reads to facilitate a good assembly. Different algorithms are available to construct the genome based on PacBio alone or hybrid datasets. In order to identify the best possible approach we did a comparative study employing the widely accepted assembly tools on E.coli, C.elegans and A.thaliana datasets (PacBio & Ilumina (Paired end & Mate Pair)). We performed de novo genome assembly, gene prediction and gene annotation for all possible dataset (PacBio & Illumina PE & MP) and tools combination. The study resulted in the identification of the best method that could assemble the 4.6 MB of E.coli genome covering ~97% of BUSCO represented genes in a single contig. For C.elegans and A.thaliana we were able to achieve 109 MB and 123 MB sized assembly with ~80% of BUSCO represented genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».