Detection of enteric‐ and non‐enteric adenoviruses in gastroenteritis patients, Bangladesh, 2012‐2015
Notice bibliographique
Résumé
Human adenoviruses (HAdVs) are common cause of nonbacterial acute gastroenteritis worldwide. Limited data exist on HAdVs molecular epidemiology associated with acute gastroenteritis in Bangladesh. We describe the genetic diversity and epidemiology of HAdVs among hospitalized diarrhea patients, including HAdV genotypes, clinical symptoms, and co-infecting enteric pathogens. Stool samples were collected from ongoing diarrhea surveillance during 2012-2015. HAdV was detected using PCR and genotyped by sequencing and phylogenetic analysis. Detailed socio-demographic and clinical information regarding each individual was recorded such as duration of diarrhea, dehydration status, vomiting, abdominal pain, fever, and severity. Of 871 fecal specimens, HAdV DNA was detected in 93 (10.7%). Among them 56% were co-infected with other known enteric viral and bacterial pathogens and 31.6% had severe gastroenteritis. The majority (55%) of HAdV positives were children <5 years of age. Two main clinical symptoms in HAdV infected patients were diarrhea and vomiting. HAdVs were detected throughout the year with low prevalence in winter (November-January). Five HAdV species (A, B, C, D, and F) including 17 different genotypes were identified during the study period, with enteric HAdV species F (HAdV-40/41) being the most dominant. However, non-enteric HAdV were also detected in substantial proportion of specimens (15% species C, 15% species D, 10.8% species A, and 4.3% species B). Our study demonstrates high genetic diversity of HAdVs including enteric and non-enteric HAdVs among diarrhea patients and provides a foundation for further clarification of the role of non-enteric HAdVs in diarrheal diseases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».