Molecular Events in Human T Cell-Mediated Rejection: The Relationship Between Innate Immunity and Cognate Recognition.
Notice bibliographique
Résumé
The molecular events specific for biopsies with T cell-mediated rejection (TCMR) are of interest as a prototype for many T cell-mediated inflammatory diseases. The present study examined the secondary events that occur in TCMR - inflammasome activation, innate immunity, the parenchymal injury response, and their relative association with the cognate TCMR signal that reflects TCMR-APC synapse. In a discovery set of microarrays from 403 biopsies, we generated a hierarchy of TCMR-associated transcripts (defined by p-value) by comparing TCMR to all other biopsies, including antibody-mediated rejection, acute kidney injury, polyomavirus nephropathy, glomerulonephritis, and non-specific atrophy-fibrosis. Transcripts previously identified by a molecular classifier for TCMR, shown as black diamonds in Figure 1 - eg. CD8A, SH2D1A, IFNG, ADAMDEC1, CXCL13 (Reeve et al. Am J Transplant 13(3):2013) - had the greatest association with TCMR (p-values as low as 10-27). Other classes of transcripts, despite high fold increases, had moderate associations with TCMR (p-values >10-18). These included rejection biomarkers, shown as asterisks (eg. CXCL9/10/11, GZMA/B, PRF1); inflammasome-related transcripts, shown as grey squares (eg. PYCARD, CASP1, IL1B, IL18); toll-like receptors 7/8/9, shown as grey circles; IFNG-induced transcripts, shown as white triangles (eg. UBD and HLA-A/B/C); and kidney solute carrier (SLC) transcripts, shown as black crosses. These associations were confirmed in a validation set of 300 additional kidney transplant indication biopsies.Figure: No Caption available.TLR8 was moderately (p=10-15) associated with TCMR, but stronger than TLR7/9. Among inflammasome transcripts, CASP1 (six probesets) was moderately associated with TCMR (p=10-13), whereas IL1B (whose precursor is cleaved by CASP1), IL18, and CASP8 were much less associated, as was CD95 (Fas). All findings were confirmed in the validation set. The descending hierarchy of the TCMR classifier transcripts, inflammasome and TLR transcript associations with TCMR suggest that molecular events in TCMR are principally controlled by the cognate events, including those in macrophage-dendritic APCs as judged by the striking association of ADAMDEC1 and CXCL13 with TCMR. DISCLOSURES:Halloran, P.: Speaker's Bureau, Astellas, Novartis, OneLamba.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».