Structural analysis of major translocator – chaperone interaction from Ysa-Ysp T3SS of Yersinia enterocolitica
Notice bibliographique
Résumé
Certain serotypes of Yersinia enterocolitica Biovar 1B possess Yersinia secretion apparatus- Yersinia secretion protein (Ysa-Ysp) Type III Secretion System (T3SS), which is responsible for the gastrointestinal phase of Y. enterocolitica infection. Y. enterocolitica is an opportunistic pathogen which infects immune-compromised individuals to cause gastroenteritis, mesenteric adenitis and other nosocomial infections. Enhanced virulence of Y. enterocolitica Biovar 1B is attributed to the activation of Ysa-Ysp T3SS, which is further regulated by the formation of functional injectisome. YspB is a major hydrophobic translocator protein responsible for the formation of functional translocon at the tip of the needle. YspB is a highly unstable protein recalcitrant to recombinant expression. Its cognate class II chaperone SycB imparts stability to YspB. Like other major translocator proteins YspB possesses a highly helical structure and transmembrane helices required for its translocation through the narrow conduit of the needle and its interaction with the host cell plasma membrane. Being a translocator protein it has to interact with chaperones, other translocators and host cell plasma membrane, which is evident from the existence of intramolecular coiled-coil regions in YspB structure. Due to high hydrophobicity and presence of intrinsically disordered regions YspB could not be expressed to the extent required for experimental three dimensional structure determinations. Therefore, a homology model of YspB was generated by threading algorithm of I-TASSER server. This model depicted an all helical star shaped structure with alpha helices interspersed by random coil regions. The inner concave core of SycB forms the interface of interaction with YspB. This interaction is polar or ionic in nature and mediated predominantly by tyrosine residues present in the first two TPRs of SycB. The bulky nature of YspB molecule results in dissociation of the dimeric state of SycB during YspB-SycB interaction. ConSurf analysis predicted that the evolutionarily conserved residues are mostly present in the helices and random coil regions of YspB involved in interaction with SycB. Understanding the mechanism of YspB-SycB interaction would enable us to decipher the regulation of Ysa- Ysp T3SS and further to design drugs for the inhibition of YSa-Ysp T3SS.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».