Next Generation sequencing as a tool in gut microbiota to discriminate between wellness and obese
Notice bibliographique
Résumé
Around 13% of the world's adult population are obese and its incidence has doubled in past 3 decades This study aims to discern the differences in gut microbial composition among healthy and obese individuals. A cross sectional study was conducted in a tertiary care centre. Human faecal and blood samples from healthy (n= 5) and obese (n=10) were collected after obtaining IEC and informed consent. Ultra-sonogram abdomen was also done to detect fatty liver changes. DNA was extracted using Qiagen DNA stool mini kit (Qiagen, Germany) and PCR was performed using Qiagen multiplex PCR master mix and fusion primers. Metagenomics analysis was performed using Ion torrent (PGM). The sequencing reads were in FASTA format and were clustered and reported as operational taxonomic units Statistical Analysis: Chi square test of significance and student 't' test was done using Quick Calcs, version 5 (Graph Pad Software Inc., La Jolly, CA, USA).Gut microbial composition among healthy lean participants (BMI 18-23) had predominantly gram positive bacteria like Ruminococcus, Bifidobacterium, Peanibacillus. Similarly, gram positive bacteria such as Bifidobacterium, Dialister, Clostridales were predominant in mild risk obese (BMI 30-35) whereas gram negative bacteria like Enterobacter, Vibrio and Escherichia were higher among moderate to severe risk obese participants (BMI >35). A clear shift of gram positive to gram negative bacteria was observed among study groups. Analysis by phyla showed a five-fold reduction in counts of Firmicutes in mild obese to moderate and severe obese and in contrast Proteobacteria doubled in moderate and severe obese category. The mean fasting blood sugar (FBS) was higher among obese (101.9 + 10.9) in contrast to healthy participants (89.6 + 7.1) with a statistical significance (P=0.04). Fatty liver was significantly higher among obese, n=10 (100%) when compared to healthy participants, n=1 (20%) (P=0.007). Gram negative bacteria is predominant in moderate to severe obese and from this it is evident that lipopolysaccharides found in GNB could be well associated with severe obesity and related consequences. Faecal transplant could possibly be used as an intervention among severe obese and other related metabolic disorders to revert to a lean phenotype.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».