MetaLab: an automated pipeline for metaproteomic data analysis
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Research involving microbial ecosystems has drawn increasing attention in recent years. Studying microbe-microbe, host-microbe, and environment-microbe interactions are essential for the understanding of microbial ecosystems. Currently, metaproteomics provide qualitative and quantitative information of proteins, providing insights into the functional changes of microbial communities. However, computational analysis of large-scale data generated in metaproteomic studies remains a challenge. Conventional proteomic software have difficulties dealing with the extreme complexity and species diversity present in microbiome samples leading to lower rates of peptide and protein identification. To address this issue, we previously developed the MetaPro-IQ approach for highly efficient microbial protein/peptide identification and quantification. RESULT: Here, we developed an integrated software platform, named MetaLab, providing a complete and automated, user-friendly pipeline for fast microbial protein identification, quantification, as well as taxonomic profiling, directly from mass spectrometry raw data. Spectral clustering adopted in the pre-processing step dramatically improved the speed of peptide identification from database searches. Quantitative information of identified peptides was used for estimating the relative abundance of taxa at all phylogenetic ranks. Taxonomy result files exported by MetaLab are fully compatible with widely used metagenomics tools. Herein, the potential of MetaLab is evaluated by reanalyzing a metaproteomic dataset from mouse gut microbiome samples. CONCLUSION: MetaLab is a fully automatic software platform enabling an integrated data-processing pipeline for metaproteomics. The function of sample-specific database generation can be very advantageous for searching peptides against huge protein databases. It provides a seamless connection between peptide determination and taxonomic profiling; therefore, the peptide abundance is readily used for measuring the microbial variations. MetaLab is designed as a versatile, efficient, and easy-to-use tool which can greatly simplify the procedure of metaproteomic data analysis for researchers in microbiome studies.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle