Dissecting a Subtle Endothelial Signal in Human Kidney Transplants With Antibody-Mediated Rejection.
Notice bibliographique
Résumé
We aimed to describe the molecular changes most associated with ABMR in comparison to other events - IFNG effects, inflammasome activation, innate immunity, and complement inhibitors. In a set of 403 human kidney transplant indication biopsies, we used microarrays to compare ABMR to all other biopsies, including T cell-mediated rejection, acute kidney injury, polyomavirus nephropathy, and glomerulonephritis. Transcripts previously identified by a molecular classifier for ABMR - eg DARC, CDH13, FGFBP2 (Sellares et al. Am J Transplant 13(4):2013) - had the greatest association with ABMR (Figure 1, p-values as low as 10-14). Other transcripts with moderate associations with ABMR (p-values >10-8) included: inflammasome-related CASP1 and IL1B (which is activated by CASP1) and complement inhibitor transcripts CD55 (DAF) and CD59 (MAC-IP). Toll-like receptors 7/8/9; inflammasome-related IL18, CASP8 and CD95 (Fas); CD46 (complement regulatory protein); and the parenchyma (kidney solute carrier expression) changed little, unlike in TCMR.Figure: No Caption available.We analyzed the top 100 ABMR-associated transcripts (defined by the class comparison p-value) for overrepresentation in IPA Canonical Pathways: top pathways (p-values around 10-15) were associated with antigen presentation and contained HLA molecules (eg HLA-A/B/C, -DQ); and when the transcripts used in these pathways were purged and we and re-analyzed the remaining ABMR-associated transcripts - Step 2, Figure 2 - top pathways now were leukocyte Adhesion and Diapedesis (p-values around 10-9). Subsequent removal of these transcripts (eg CDH5, SELE, CX3CL1) left relatively weak associations (p>10-4) such as Nitric Oxide, Angiopoietin, and NK Cell Signaling - Step 3, Figure 2. ABMR-associated transcripts in these pathways included endothelial expressed GNG11, VEGFC, CAV1, TEK (angiopoeitin receptor) and NK expressed FCGR3A and CD94. Thus the transcripts most strongly associated with the ABMR phenotype reveal the endothelial injury, IFNG effects, and NK transcripts, but the more moderate association also suggest some of the molecular events in the microcirculation response to injury, including nitric oxide, angiopoietin, VEGF, caveolin, and complement inhibitors CD55 and CD59. DISCLOSURES:Halloran, P.: Speaker's Bureau, Astellas, Novartis, OneLamba.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».