Prospects of comparative genomics of β-lactamase genes in rapid antimicrobial resistance (AMR) detection and newer β-lactamase inhibitors
Notice bibliographique
Résumé
Beta-lactam antibiotics have been a prime choice for treating a number of infectious diseases. However, their widespread & indiscriminate use has resulted in microbial resistance towards this important class of antibiotics. Bacteria hydrolyze these antibiotics using their intrinsic/acquired antibiotic modifying enzymes, the -lactamases. Studies from our laboratory using comparative genomics of -lactamase genes and their promoters in a large number of Y.enterocolitica and E.coli strains revealed that, though the promoters were conserved, point mutations were present in different -lactamase genes. Similar observations were also made while compiling a database of -lactamase genes. Identification of consensus sequences among the -lactamase genes of different bacteria could be useful for developing rapid and simple methods for detection of pathogens harbouring these genes. Our studies also revealed that mutations at sites other than active site of the enzyme may create diverse local changes in the 3D structure of the enzyme which might affect its binding affinity with -lactam antibiotics as well as -lactamase inhibitors. These findings might be useful for designing better -lactamase inhibitors with improved efficiencies in future. Currently, we are working on developing a rapid and simple Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP) test using -lactamase genes for detection of Y.enterocolitica. We are also working to identify novel sequences in -lactamase genes which can be used as ideal targets for designing newer -lactamase inhibitors. These studies would surely help us make assessments of the true potential of -lactamase genes to serve as markers for rapid detection of AMR and salvaging several -lactam antibiotics by designing novel -lactamase inhibitors.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».