Poplar ruse: the melampsora larici-populina genome sequencing project
Notice bibliographique
Résumé
The basidiomycete Melampsora larici-populina is responsible for the leaf rust disease in Populus species. Urediniospore germlings of this obligate biotrophic fungus usually penetrate the host plant through stomatal openings, differentiates a series of infection structures in the intercellular space, and exhibits highly localized penetration of the host cell wall to establish a haustorium. Hyphae then proliferate in the leaf parenchyma and produce golden pustules filled with masses of urediniospores on the lower leaf surfaces. M. larici-populina causes severe economic losses in European poplar plantations and has recently been detected in Canada. Selection for resistance to this biotrophic pathogen is thus an important challenge for poplar breeders. Severe damages occur through decreased photosynthesis efficiency, early defoliation and increased susceptibility to other pests and diseases. The PGF is sequencing this organism by the whole genome shotgun (WGS) method. Generally we make genomic libraries containing 3 different insert sizes. For all libraries, the DNA is randomly sheared, fragments end repaired and size selected prior to cloning. After cleanup the 3kb insert is ligated into pUC18 vector and the 8kb and 40kb fragments are ligated into pMCL200 and pcc1Fos vectors. The libraries are sequenced to a depth of approximately 4X, 4X, and 0.5-1X coverage respectively. The JGI has recently sequenced the genome to approximately 4x coverage of this plant pathogen, and is currently sequencing to the 8-9X depth prior to final assembly. The initial size was estimated to be approximately 61 Million bases (Mb), and analysis at the 4X assembly allowed us to revise this estimate to approximately 95 Mb. Library construction, genome assembly and size analysis will be presented.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».