Improved Modeling of Compositional Heterogeneity Supports Sponges as Sister to All Other Animals
Notice bibliographique
Résumé
The relationships at the root of the animal tree have proven difficult to resolve, with the current debate focusing on whether sponges (phylum Porifera) or comb jellies (phylum Ctenophora) are the sister group of all other animals [1-5]. The choice of evolutionary models seems to be at the core of the problem because Porifera tends to emerge as the sister group of all other animals ("Porifera-sister") when site-specific amino acid differences are modeled (e.g., [6, 7]), whereas Ctenophora emerges as the sister group of all other animals ("Ctenophora-sister") when they are ignored (e.g., [8-11]). We show that two key phylogenomic datasets that previously supported Ctenophora-sister [10, 12] display strong heterogeneity in amino acid composition across sites and taxa and that no routinely used evolutionary model can adequately describe both forms of heterogeneity. We show that data-recoding methods [13-15] reduce compositional heterogeneity in these datasets and that models accommodating site-specific amino acid preferences can better describe the recoded datasets. Increased model adequacy is associated with significant topological changes in support of Porifera-sister. Because adequate modeling of the evolutionary process that generated the data is fundamental to recovering an accurate phylogeny [16-20], our results strongly support sponges as the sister group of all other animals and provide further evidence that Ctenophora-sister represents a tree reconstruction artifact. VIDEO ABSTRACT.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».