Delineating cytokine signaling pathways in ulcerative colitis and Crohn's disease through colonic mucosa gene expression profiles.
Notice bibliographique
Résumé
Cytokine signaling pathways play a central role in the pathogenesis of inflammatory bowel disease (IBD). Numerous clinical studies have shown that several inflammatory cytokines are elevated in active IBD and recent genome-wide association studies have provided evidence of intricate immune pathways that confer susceptibility to IBD. Despite this extensive knowledge on molecular mechanisms of IBD pathogenesis, the main diagnostic modality for IBD and differentiation between ulcerative colitis (UC) and Crohn's disease (CD) is the histopathologic evaluation of colon biopsy samples. This study aims to delineate the cytokine signaling pathways in colonic mucosa of CD and UC patients, explore possible molecular markers for IBD diagnosis, and identify novel immune-mediators of IBD pathogenesis. The study quantifies gene expression levels from formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) archived colonic mucosa samples. Based on established clinical diagnosis and strict histopathological inclusion/exclusion criteria, fifty colon biopsy samples were assigned into five categories: 1) severe/active UC, 2) severe/active CD 3) quiescent UC, 4) quiescent CD, and 5) normal control subjects. Gene expression is analyzed by quantitative real-time RT-PCR. Highly efficient mRNA isolation techniques, RT-PCR enzymes, cDNA conversion using random hexamers, and gene-specific primers generating short amplicons (70-150bp) allows successful quantification of gene expression from these formalin-fixed tissues. This study investigates the expression of more than twenty genes, including the cytokines TNF- α, IFN-γ, IL-12, IL-23, IL-17, IL-10, IL-13, IL-33. Also, downstream cytokine-induced inflammatory genes are quantified, including the transcription factors T-bet, GATA-3, FoxP3, the chemokines MCP-1, IP-10, CCL17, the proteases ADAM8, MMP3, Kallikrein 6, the adhesion molecules VCAM, ICAM-1, VLA-4, and the enzymes iNOS, COX2, NOX2/gp91phox. These data should provide insights into the pathogenesis of IBD though identifying novel immune-mediators and elucidating distinct signaling networks in CD and UC. Furthermore, gene profiling utilizing FFPE tissue is practical, it can be used retrospectively, and importantly it has been successfully integrated into clinical practice with good prognostic value in cancer patients. Thus, this study aims to develop additional practical molecular tools for the diagnosis and prognosis of IBD and differentiate between UC and CD. Finally, several biologic agents targeting TNF-α, IL-12/23 p40, IL-6r, α4 integrins, CCR9, CD40, and MyD88 are novel promising IBD treatments and this study provides a convenient approach that can be used to identify molecular markers that can predict the response to these treatments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».