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Enregistrement W2775797405 · doi:10.1212/nxg.0000000000000200

<i>CDKL5</i> variants

2017· article· he· W2775797405 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.
no affAucune affiliation canadienne : ce travail est invisible pour une base fondée sur la seule affiliation.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.

Notice bibliographique

RevueNeurology Genetics · 2017
Typearticle
Languehe
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics and Neurodevelopmental Disorders
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institutes of HealthUniversity of Colorado School of Medicine, Anschutz Medical CampusInternational Foundation for CDKL5 ResearchMax-Planck-GesellschaftBundesministerium für Bildung und ForschungEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentEconomic and Social Research CouncilCurtin University of TechnologyRosetrees TrustChildren's Hospital ColoradoMallinckrodt PharmaceuticalsActelion PharmaceuticalsNational Health and Medical Research CouncilLouLou FoundationRett Syndrome Association of AustraliaEdimer PharmaceuticalsQuestcor PharmaceuticalsCitizens United for Research in EpilepsyUniversity of PennsylvaniaRett Syndrome Research TrustAveXisBiogen
Mots-clésMissense mutationBiologyNonsenseExonGeneticsRNA splicingPopulationAlternative splicingAlleleGeneComputational biologyBioinformaticsMutationMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

<h3>Objective:</h3> To provide new insights into the interpretation of genetic variants in a rare neurologic disorder, CDKL5 deficiency, in the contexts of population sequencing data and an updated characterization of the <i>CDKL5</i> gene. <h3>Methods:</h3> We analyzed all known potentially pathogenic <i>CDKL5</i> variants by combining data from large-scale population sequencing studies with <i>CDKL5</i> variants from new and all available clinical cohorts and combined this with computational methods to predict pathogenicity. <h3>Results:</h3> The study has identified several variants that can be reclassified as benign or likely benign. With the addition of novel <i>CDKL5</i> variants, we confirm that pathogenic missense variants cluster in the catalytic domain of CDKL5 and reclassify a purported missense variant as having a splicing consequence. We provide further evidence that missense variants in the final 3 exons are likely to be benign and not important to disease pathology. We also describe benign splicing and nonsense variants within these exons, suggesting that isoform hCDKL5_5 is likely to have little or no neurologic significance. We also use the available data to make a preliminary estimate of minimum incidence of CDKL5 deficiency. <h3>Conclusions:</h3> These findings have implications for genetic diagnosis, providing evidence for the reclassification of specific variants previously thought to result in CDKL5 deficiency. Together, these analyses support the view that the predominant brain isoform in humans (hCDKL5_1) is crucial for normal neurodevelopment and that the catalytic domain is the primary functional domain.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,740
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,251
Écart entre enseignants0,237 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle