Immunoprofiling in alveolar soft part sarcoma.
Notice bibliographique
Résumé
11059 Background: Alveolar Soft Part Sarcoma (ASPS) is a distinctive tumor characterized by a canonical ASPL-TFE3 fusion. Treatment options are limited. We assessed tumor immune cell infiltrates, and correlated this with patients receiving PD-1 blockade. Methods: A retrospective institutional review was performed for 18 cases of ASPS. Immunohistochemistry was performed on paraffin-embedded tissue (PET) for T-lymphocyte markers (CD3/CD4/CD8), and PD-1/PD-L1 (Ventana). Expression was quantified by standard methods: (total cells per high power field: score; 0:0; 1-10:1; 11-50:2; 50-99:3; 100:4). Select cases underwent DNA sequencing analysis using whole exome (WES, > 80X, n = 4) and genome (WGS, > 30X, n = 1) sequencing. Indel analysis was conducted via mutect2 ( > 5% variant allele frequency) and mutational signature was performed using deconstructSigs. Results: The median age was 27 (15-54). Disease status at diagnosis was: 44% localized; 56% metastatic. The median overall survival was 17 yrs (2.9-31). Four patients (pts) received immunotherapy with PD-1 blockade with 1 complete response (CR), 2 durable partial responses (PR) and 1 stable disease (SD). PET was available in 12 cases. PD-1/PD-L1 expression (≥1) was seen in 50% and 17%, respectively. Composite CD3, CD4 and CD8 infiltration were 2, 1, and 1, respectively. Patients with CR/PR to PD-1 blockade (n = 3) had no clear correlation with PD-1, PD-L1 or lymphocyte markers. Exomic characterization (n = 4) demonstrated no clear excess mutation burden compared to Ewing sarcoma (5.7 vs 6.4 mut/MB). Mutational signatures via COSMIC were identified in the mismatch repair (MMR) pathway in 2 of 4 cases (Pt A: Signature (S) 26; pt B: S6 and S15). Pt B also underwent WGS which confirmed a COSMIC signature in the MMR pathway. Indel analysis did not confirm aberrations in standard MMR or polymerase genes. Conclusions: Preliminary findings suggest activity with PD-1 blockade in ASPS; however, this does not appear to correlate with tumour-infiltrating T lymphocytes. Genomic analysis suggests an MMR signature may account for these responses, but standard MMR aberrations were not identified. Further validation is underway.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».