Temperate phages as self-replicating weapons in bacterial competition
Notice bibliographique
Résumé
Microbial communities are accompanied by a diverse array of viruses. Through infections of abundant microbes, these viruses have the potential to mediate competition within the community, effectively weakening competitive interactions and promoting coexistence. This is of particular relevance for host-associated microbial communities, because the diversity of the microbiota has been linked to host health and functioning. Here, we study the interaction between two key members of the microbiota of the freshwater metazoan Hydra vulgaris . The two commensal bacteria Curvibacter sp. and Duganella sp. protect their host from fungal infections, but only if both of them are present. Coexistence of the two bacteria is thus beneficial for Hydra . Intriguingly, Duganella sp. appears to be the superior competitor in vitro due to its higher growth rate when both bacteria are grown separately, but in co-culture the outcome of competition depends on the relative initial abundances of the two species. The presence of an inducible prophage in the Curvibacter sp. genome, which is able to lytically infect Duganella sp., led us to hypothesize that the phage modulates the interaction between these two key members of the Hydra microbiota. Using a mathematical model, we show that the interplay of the lysogenic life cycle of the Curvibacter phage and the lytic life cycle on Duganella sp. can explain the observed complex competitive interaction between the two bacteria. Our results highlight the importance of taking lysogeny into account for understanding microbe–virus interactions and show the complex role phages can play in promoting coexistence of their bacterial hosts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».